Vers la fin des années trente, l'armée japonaise se trouva très impliquée dans la guerre. La plupart des jeunes élèves de Morihei Ueshiba furent enrôlés dans l'armée. Cette conscription clairsema les rangs du dojo Kobukan, ce qui impliqua une réduction de l'activité dans le dojo au moment ou la guerre du pacifique commença.

En 1942, après être tombé malade à la suite d'une grave affection intestinale, Maître Ueshiba décida d'établir un nouvelle base de l'organisation de l'aïkido dans la préfecture d'Ibaragi, dans le village d'Iwama,ou il avait acheté des terres quelques années auparavant. Il laissa alors la charge des dojos dans Wakamatsu-cho à son fils Kisshomaru Ueshiba.

A Iwama, Morihei commença la construction de ce qu'il nomma l'Ubuya (lieu de naissance), le cercle sacré de l'Aïkido:
Un ensemble comprenant l'autel de l'aïki et un dojo extérieur. Cet ensemble fut complété en 1964 par un ensemble de très belles sculptures. Quarante-trois divinités gardiennes de l'aïkido. Le dojo, connu maintenant, comme le dojo Ibaragi, fut achevé en 1945 juste avant la fin de la guerre. Là, loin de l'agitation qui régnait à Tokyo en raison de la guerre, il s'investit dans l'agriculture, l'entraînement et la méditation.

Ces années passées à Iwama s'avérèrent décisives pour le développement de l'aïkido moderne. Morihei, avec toute la concentration possible s'investit dans un entraînement intensif afin de pouvoir perfectionner son art martial dédié à la résolution pacifique des conflits.

A la fin de la guerre, le fondateur avait peu d'élèves à Iwama. Les disciples d'avant guerre étant dispersés dans tout le sud-est asiatique.

C'est à cette époque, durant l'été 1946, qu'un jeune homme, employé à la société National des chemins de fer Japonais, s'inscrivit au dojo d'Iwama. Morihiro Saito allait devenir l'un des plus proches élèves du fondateur et plus tard, son successeur technique.

C'est à cette époque que le fondateur approfondit l'étude du sabre appelé en aïkido Aïki Ken et du bâton: Aïki Jo. Il considérait qu'il était fondamental de connaître le maniement de ces armes pour exécuter correctement les techniques à mains nues.

Il élabora alors un programme d'aïkido complet comprenant la pratique des armes et la pratique à mains nues. C'est aussi à cette époque que le jeune Saito servait la plupart du temps de partenaire d'entraînement à Maître Ueshiba, ce qui lui permit de découvrir de nombreuses techniques que le fondateur n'enseignait que très rarement. Pendant cette partie de sa vie passée à Iwama, Maître Ueshiba définit le concept de TAKEMUSU AÏKI, qui correspond à l'exécution spontanée d'une infinité de techniques adaptées à une attaque quel qu'elle soit. Au cours des années cinquante maître Ueshiba voyagea beaucoup à travers le Japon pour répondre aux innombrables sollicitations qu'on lui adressait. Il passait aussi quelques jours par mois à Tokyo pour revenir ensuite à Iwama. Il était, à cette époque, très difficile de prévoir, d'un jour à l'autre, où se trouvait Maître Ueshiba et même de savoir quand ils s'arrêteraient pour diriger un cours à l'Aïkikaï de Tokyo. Beaucoup d'élèves, qui commencèrent l'entraînement après la guerre et eurent l'occasion de voir le fondateur enseigner ou faire des démonstrations, furent enthousiasmés par l'énergie et la beauté de ses mouvements, tout comme par son éthique des arts martiaux. A cette époque sa technique s'écoulait comme un fleuve de son esprit, sans limite, fondamentalement différente de la pratique extrêmement âpre qui mettait en évidence la force physique qui caractérisait ses jeunes années. Lors des dernières années de sa vie, lorsque sa santé commença à se dégrader, maître Ueshiba se déplaça moins rapidement et moins librement, il adopta alors ses techniques en les raccourcissant. Il projetait ses élèves d'un geste rapide ou d'un petit mouvement de main et parfois sans les toucher. Cette partie de sa vie coïncide avec les débuts du développement international de l'aïkido, par des démonstrations publiques et par la diffusion de films qui sont à l'origine de nombreux imitateurs qui n'avaient pas compris, que cet aïkido, était une suite naturelle de ses expériences passées et le résultat de plus de soixante ans de pratique et non un commencement. Morihei Ueshiba décéda d'un cancer du foie, le 26 avril 1969. Il reçoit le même jour une dernière distinction à titre posthume de l'Empereur Hirohito. Ses cendres reposent dans le temple de la famille Ueshiba à Tanabe et les mèches de ses cheveux furent conservées comme reliques sur l'autel de l'aïki à Iwama, au cimetière familial d'Ayabe et au grand autel Kumeno. Son fils Kisshomaru, lui succeda comme second Doshu de l'Aïkido.

Au début de son installation, maître Ueshiba enseigna dans les résidences privées de plusieurs de ses protecteurs. Ses élèves étaient des officiers de l'armée, des hommes politiques et des dirigeants d'entreprises. Parmi eux, l'amiral Takeshita était un élève très passionné, il avait présidé l'Association de Sumo, et soutenait maître Ueshiba. Il avait étudié la Daito-ryu pendant plus de dix ans et donnait des cours dans sa demeure. L'amiral Takeshita se donna beaucoup de mal pour faire connaître Maître Ueshiba et son art dans différents milieux. Cet appui fut certainement déterminant dans le succès que maître Ueshiba connu à Tokyo.

En 1930, une collecte de fonds permet l'ouverture d'un dojo à Ushigome, quartier de Shinjuku, qu'il nommera Kobukan. Actuellement c'est toujours à cet endroit que l'on trouve le siège de l'Aïkikaï. Là en octobre, il reçoit la visite de Jigoro Kano Sensei, maître du Kokodan, fondateur du Judo. Maître Kano fut si impressionné par les techniques de maître Ueshiba qu'il lui confia plusieurs de ses meilleurs élèves afin qu'ils apprennent l'Aïkido. Le Kobukan dojo était alors connu sous le nom de "Dojo de l'enfer".

Parmi les élèves de cette époque, se trouvaient des pratiquants renommés tels que Yoïchiro Inoue, Kenji Tomiki, Minoru Mochizuki, Tsutomo Yokawa, Shigemi Yonekawa, Rinjiro Shirata et Gozo Shioda.

Entre 1939 et 1940, en plus de son enseignement au Kobukan, Morihei fut engagé pour enseigner les arts martiaux dans différentes académies militaires telles que l'école d'officiers de Toyama, l'école d'espions de Nakano, l'école navale etc. Mais en réalité l'enseignement fut souvent délégué à des élèves avancés du Kobukan car l'emploi du temps de Morihei Ueshiba était surchargé.

Durant une partie de cette époque, Maître Ueshiba s'employa à enseigner les techniques du Daito-ryu-aïkijujutsu et délivra des diplômes rédigés sur des rouleaux. Cependant, ses relations avec Takeda Sensei s'étaient détériorées et il prit progressivement ses distances avec son ancien professeur. Morihei semble ne plus avoir eu aucun contact avec Sokaku Takeda après le milieu des années trente.

En 1931 se crée "l'Association pour la promotion des arts martiaux" sous les auspices de la religion Omoto à l'instigation de Onisaburo, cette association se crée dans le but de promouvoir l'action de Morihei dans les arts martiaux. Des antennes de cette école sont établies dans tout le japon et organisent des stages d'entraînement aux arts martiaux en parallèle avec les réunions locales de la religion Omoto. Ce type d'organisation sera effectif de 1931 à la fin de 1935, date à laquelle la religion Omoto-Kyo sera brusquement interdite par le gouvernement militaire japonais.

En 1939, Morihei est invité en Mandchourie pour faire une démonstration publique. Il y combat l'ancien lutteur de sumo Tenryu et le cloue au sol d'un seul doigt; celui-ci deviendra dès lors son élève. Il fit ensuite plusieurs visites en Mandchourie, dont la dernière, en 1942 à l'occasion de la célébration du dixième anniversaire de la création de l'état de Mandchourie. Ce jour là, il effectua sa démonstration en présence de l'empereur Pu'Yi.

Le 30 avril 1940, le Kobukan obtint le statut de "Formation reconnue par le ministère de la santé et de l'hygiène". Le premier président fut l'amiral Isamu Takeshita.

Au début de son installation, maître Ueshiba enseigna dans les résidences privées de plusieurs de ses protecteurs. Ses élèves étaient des officiers de l'armée, des hommes politiques et des dirigeants d'entreprises. Parmi eux, l'amiral Takeshita était un élève très passionné, il avait présidé l'Association de Sumo, et soutenait maître Ueshiba. Il avait étudié la Daito-ryu pendant plus de dix ans et donnait des cours dans sa demeure. L'amiral Takeshita se donna beaucoup de mal pour faire connaître Maître Ueshiba et son art dans différents milieux. Cet appui fut certainement déterminant dans le succès que maître Ueshiba connu à Tokyo.

En 1930, une collecte de fonds permet l'ouverture d'un dojo à Ushigome, quartier de Shinjuku, qu'il nommera Kobukan. Actuellement c'est toujours à cet endroit que l'on trouve le siège de l'Aïkikaï. Là en octobre, il reçoit la visite de Jigoro Kano Sensei, maître du Kokodan, fondateur du Judo. Maître Kano fut si impressionné par les techniques de maître Ueshiba qu'il lui confia plusieurs de ses meilleurs élèves afin qu'ils apprennent l'Aïkido. Le Kobukan dojo était alors connu sous le nom de "Dojo de l'enfer".

Parmi les élèves de cette époque, se trouvaient des pratiquants renommés tels que Yoïchiro Inoue, Kenji Tomiki, Minoru Mochizuki, Tsutomo Yokawa, Shigemi Yonekawa, Rinjiro Shirata et Gozo Shioda.

Entre 1939 et 1940, en plus de son enseignement au Kobukan, Morihei fut engagé pour enseigner les arts martiaux dans différentes académies militaires telles que l'école d'officiers de Toyama, l'école d'espions de Nakano, l'école navale etc. Mais en réalité l'enseignement fut souvent délégué à des élèves avancés du Kobukan car l'emploi du temps de Morihei Ueshiba était surchargé.

Durant une partie de cette époque, Maître Ueshiba s'employa à enseigner les techniques du Daito-ryu-aïkijujutsu et délivra des diplômes rédigés sur des rouleaux. Cependant, ses relations avec Takeda Sensei s'étaient détériorées et il prit progressivement ses distances avec son ancien professeur. Morihei semble ne plus avoir eu aucun contact avec Sokaku Takeda après le milieu des années trente.

En 1931 se crée "l'Association pour la promotion des arts martiaux" sous les auspices de la religion Omoto à l'instigation de Onisaburo, cette association se crée dans le but de promouvoir l'action de Morihei dans les arts martiaux. Des antennes de cette école sont établies dans tout le japon et organisent des stages d'entraînement aux arts martiaux en parallèle avec les réunions locales de la religion Omoto. Ce type d'organisation sera effectif de 1931 à la fin de 1935, date à laquelle la religion Omoto-Kyo sera brusquement interdite par le gouvernement militaire japonais.

En 1939, Morihei est invité en Mandchourie pour faire une démonstration publique. Il y combat l'ancien lutteur de sumo Tenryu et le cloue au sol d'un seul doigt; celui-ci deviendra dès lors son élève. Il fit ensuite plusieurs visites en Mandchourie, dont la dernière, en 1942 à l'occasion de la célébration du dixième anniversaire de la création de l'état de Mandchourie. Ce jour là, il effectua sa démonstration en présence de l'empereur Pu'Yi.

Le 30 avril 1940, le Kobukan obtint le statut de "Formation reconnue par le ministère de la santé et de l'hygiène". Le premier président fut l'amiral Isamu Takeshita.

Les projets de Onisaburo Deguchi pour accroître l'influence de la religion Omoto étaient nombreux et grandioses; il expose à maître Ueshiba et à une poignée d'amis un dessin extrêmement secret et utopique, consistant à instaurer un état religieux en Mongolie ou s'affronte les armées chinoise et japonaises et y créer une alliance sino-japonaise.

Le 13 février 1924 Onisaburo, maître Ueshiba et un groupe de proches, partirent pour le continent et unirent leurs sorts, pour atteindre leurs buts, à un militaire rebelle Lu chang K'uei commandant en activité dans la région.

C'est durant ce voyage que se passe le fameux épisode, où maître Ueshiba, menacé de mort par des ennemis armés de fusils, vit sous forme de traits de lumière la direction des balles qui se dirigeaient vers lui et pouvait ainsi les éviter sans qu'aucun mal ne lui soit fait; mais bientôt ils sont malheureusement capturés par des troupes chinoises et sont condamnés à mort et durent leur survie qu'à l'intervention in extrémis du consulat japonais. Plusieurs photographies prises pendant leur captivité témoignent de leur pénible expérience.